Με βάση την τεχνολογία της επιστήμης των τροφίμων, τα υποαλλεργικά τρόφιμα παρέχουν την αποτελεσματικότερη προστασία για την πρόληψη πιθανής αλλεργίας στο γάλα αγελάδας όταν πρόκειται για προϊόντα αντικατάστασης του μητρικού γάλακτος. Η πρωτεΐνη γάλακτος αγελάδας σε αυτά διασπώνται στο μεγαλύτερο δυνατό βαθμό έτσι ώστε οι ιδιότητες που προκαλούν αλλεργία μειώνονται σημαντικά.
Δεδομένου όμως ότι η υποαλλεργική τροφή βασίζεται στο αγελαδινό γάλα αυτό σημαίνει πως εξακολουθεί να περιέχει μια ορισμένη ποσότητα περισσότερων ή λιγότερων άθικτων πρωτεϊνικών στοιχείων. Ένα ανοσοποιητικό σύστημα που είναι αλλεργικό θα αντιδράσει σε αυτό. Ως εκ τούτου, τα υποαλλεργικά τρόφιμα γάλακτος είναι ακατάλληλα για μια υπάρχουσα αλλεργία στη πρωτεΐνη γάλακτος αγελάδας και δεν πρέπει πλέον να χορηγούνται.
Σε μια τέτοια περίπτωση, πρέπει να ακολουθηθεί ιδιαίτερη διατροφή στην οποία η πρωτεΐνη διασπάται πολύ(υδρόλυση πρωτεϊνών). Τα υπόλοιπα θρεπτικά συστατικά όπως οι υδατάνθρακες, το λίπος γάλακτος, οι βιταμίνες και τα ανόργανα συστατικά προστίθενται με βάση την αρχή της δομικής δομής.
Τα φυτικά γάλατα όπως το γάλα σόγιας, η βρώμη και το γάλα αμυγδάλου δεν είναι κατάλληλα υποκατάστατα του μητρικού γάλακτος επειδή λείπουν σημαντικά θρεπτικά συστατικά. Τα προϊόντα αυτά πρέπει να χρησιμοποιούνται ως ρόφημα μετά τη μετάβαση στην οικογενειακή τροφή το νωρίτερο (περίπου μετά το 1ο έτος), εάν επιθυμείται ποικιλία στο προγραμματισμό των γευμάτων. Γάλα από άλλα ζωικά είδη, π.χ. κατσίκας, προβάτων ή φοράδων, δεν συνιστάται, καθώς δεν ανταποκρίνεται στις διατροφικές ανάγκες του βρέφους εάν πρίν δεν υπάρχει ειδική επεξεργασία.